Chromosome 15

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Chromosome 15


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Band 15q13

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    Chromosomal abnormalities in band 15q13

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    9p2115q13Cosmic_SVu(9;15)(p21;q13)  Cosmic_SV [COST728846]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma[PubMed] 
    9p2215q13Cosmic_SVu(9;15)(p22;q13)  Cosmic_SV [COST728341]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma[PubMed] 
    9q2115q13Cosmic_SVu(9;15)(q21;q13)  Cosmic_SV [COST334696]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma[PubMed] 
    9q2115q13Cosmic_SVu(9;15)(q21;q13)  Cosmic_SV [COST371510]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma[PubMed] 
    9q2215q13Cosmic_SVu(9;15)(q22;q13)  Cosmic_SV [COST720676]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma[PubMed] 
    9q3115q13Cosmic_SVu(9;15)(q31;q13)  Cosmic_SV [COST171881]adrenal_gland__adrenal_glandadrenal_cortical_carcinoma__non_functioning  
    Xp1115q13Cosmic_SVu(X;15)(p11;q13)  Cosmic_SV [COST567634]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma[PubMed] 
    Xq1315q13Cosmic_SVu(X;15)(q13;q13)  Cosmic_SV [COST757438]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma[PubMed] 

    Genes in band 15q13

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    GoldenPath hg38Band 1Band 2ClassCloneFusionPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphologyPubmedOmimAccession
    chr15:28111037-28322152 - 15q13 15q13 Gene [AM]   HERC2P10/HERC2 HERC2 HERC2P10 [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
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    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
    chr15:28111037-28322152 - 15q13 15q11 Gene [FC]   HERC2/HERC2P2 HERC2 HERC2P2 [FusCancer]   Chronic myelogenous leukemia|Melanoma|Neuroblastoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:28111037-28322152 - 15q13   Gene [FC]   HERC2/HERC2P3 HERC2 HERC2P3 [FusCancer]   Cervical cancer|Chronic myelogenous leukemia|Hepatocellular cancer|Neuroblastoma|Neuroblastoma|Neuroblastoma|Chronic myelogenous leukemia [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:28111037-28322152 - 15q13   Gene [G]     HERC2       [Omim] [Entrez]
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    [FusionGDB]      		 Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:28111037-28322152 - 15q13 15q12 Gene [M]   OCA2/HERC2 HERC2 OCA2 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:28378664-28392025 + 15q13   Gene [G]     GOLGA8F       [Omim] [Entrez]
    chr15:28378664-28392025 + 15q13   Gene [G]     GOLGA8G       [Omim] [Entrez]
    chr15:28698696-28712421 - 15q13   Gene [G]     GOLGA8M       [Omim] [Entrez]
    chr15:28702728-28719753 + 15q13   Gene [G]     LOC101928042       [Omim] [Entrez]
    chr15:28737583-28758362 + 15q13   Gene [G]     WHAMMP2       [Omim] [Entrez]
    chr15:28788243-28789392 + 15q13   Gene [G]     LOC100289656       [Omim] [Entrez]
    chr15:28789834-28856574 + 15q13   Gene [G]     PDCD6IPP2       [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13 12p13 Gene [AM]   APBA2/CHD4 APBA2 CHD4 [TCGA-GBM]     [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13 12p13 Gene [AM]   APBA2/CHD4 APBA2 CHD4 [TCGA-GBM]     [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13 15q12 Gene [AM]   APBA2/GABRB3 APBA2 GABRB3 [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13 6q16 Gene [CT]   FBXL4/APBA2 APBA2 FBXL4 [ChiTaRS]  
    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13   Gene [G]     APBA2       [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13 15q12 Gene [M]   APBA2/GABRB3 APBA2 GABRB3 [Mitelman] Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13 15q12 Gene [M]   APBA2/OCA2 APBA2 OCA2 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Pleura Mesothelioma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13 12q13 Gene [M]   APBA2/SOAT2 APBA2 SOAT2 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13 15q12 Gene [TF]   APBA2/GABRB3 APBA2 GABRB3 [TCGA] [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13   Gene [TF]   APBA2/RP11-536G4.1 APBA2 RP11-536G4.1 [TCGA] [TCGA-LUAD]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29120252-29570723 - 15q13   Gene [G]     FAM189A1       [Omim] [Entrez]
    chr15:29120252-29570723 - 15q13 15q13 Gene [GT]   TJP1/FAM189A1 FAM189A1 TJP1 [GenenTech] MX-1__Breast   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29120252-29570723 - 15q13 15q14 Gene [M]   C15orf41/FAM189A1 FAM189A1 C15orf41 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Lung Squamous cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29120252-29570723 - 15q13 15q12 Gene [M]   FAM189A1/GABRG3 FAM189A1 GABRG3 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Bladder Transitional cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29268149-29269816 - 15q13   Gene [G]     NSMCE3       [Omim] [Entrez]
    chr15:29674935-29679163 + 15q13   Gene [G]     LOC100130111       [Omim] [Entrez]
    chr15:29699367-29822503 - 15q13 14q11 Gene [CT]   TJP1/RNASE1 TJP1 RNASE1 [ChiTaRS]  
    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
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    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
    chr15:29699367-29822503 - 15q13 15q13 Gene [CT]   TJP1/TJP1 TJP1 TJP1 [ChiTaRS]  
    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
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    chr15:29699367-29822503 - 15q13 16p13 Gene [CT]   UNKL/TJP1 TJP1 UNKL [ChiTaRS]  
    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
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    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
    chr15:29699367-29822503 - 15q13 17q11 Gene [FC]   TJP1/VTN TJP1 VTN [FusCancer]   Hepatocellular cancer [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29699367-29822503 - 15q13   Gene [G]     TJP1       [Omim] [Entrez]
    chr15:29699367-29822503 - 15q13 15q13 Gene [GT]   TJP1/FAM189A1 TJP1 FAM189A1 [GenenTech] MX-1__Breast   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29699367-29822503 - 15q13 15q12 Gene [M]   GABRB3/TJP1 TJP1 GABRB3 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Prostate Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29699367-29822503 - 15q13 2q14 Gene [M]   TJP1/SLC20A1 TJP1 SLC20A1 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29699367-29822503 - 15q13 19p13 Gene [M]   TJP1/TYK2 TJP1 TYK2 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Kidney Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:30103547-30131734 + 15q13   Gene [G]     ULK4P1       [Omim] [Entrez]
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    chr15:30135051-30145567 + 15q13   Gene [G]     GOLGA8T       [Omim] [Entrez]
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    chr15:30394522-30397645 + 15q13   Gene [G]     DNM1P50       [Omim] [Entrez]
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    chr15:30658717-30773006 + 15q13   Gene [G]     LOC100288637       [Omim] [Entrez]
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    chr15:30818036-30827783 + 15q13   Gene [G]     HERC2P10       [Omim] [Entrez]
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    chr15:30903873-30943107 + 15q13   Gene [G]     FAN1       [Omim] [Entrez]
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    chr15:30938941-30991604 - 15q13 10q23 Gene [CT]   MTMR10/TSPAN14 MTMR10 TSPAN14 [ChiTaRS]  
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    chr15:31216021-31225007 + 15q13   Gene [G]     LINC02352       [Omim] [Entrez]
    chr15:31222768-31230851 - 15q13   Gene [G]     LOC283710       [Omim] [Entrez]
    chr15:31326855-31377899 + 15q13 15q13 Gene [CT]   KLF13/KLF13 KLF13 KLF13 [ChiTaRS]  
    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
    chr15:31326855-31377899 + 15q13 1q21 Gene [CT]   KLF13/NBPF14 KLF13 NBPF14 [ChiTaRS]  
    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
    chr15:31326855-31377899 + 15q13   Gene [G]     KLF13       [Omim] [Entrez]
    chr15:31475398-31870672 - 15q13 Yq11 Gene [CT]   UTY/OTUD7A OTUD7A UTY [ChiTaRS]  
    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
    chr15:31475398-31870672 - 15q13   Gene [G]     OTUD7A       [Omim] [Entrez]
    chr15:31475398-31870672 - 15q13 6q16 Gene [M]   OTUD7A/ASCC3 OTUD7A ASCC3 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Brain Astrocytoma, grade III-IV/Glioblastoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:31475398-31870672 - 15q13 22q13 Gene [M]   TBC1D22A/OTUD7A OTUD7A TBC1D22A [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:31475398-31870672 - 15q13 22q13 Gene [TF]   TBC1D22A/OTUD7A OTUD7A TBC1D22A [TCGA]
    [FusionGDB]      		 [TCGA-SKCM]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32030483-32170183 + 15q13   Gene [CT]   CHRNA7/DKFZP434L187 CHRNA7 DKFZP434L187 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr15:32030483-32170183 + 15q13   Gene [G]     CHRNA7       [Omim] [Entrez]
    chr15:32389585-32403292 - 15q13   Gene [G]     GOLGA8K       [Omim] [Entrez]
    chr15:32441914-32455634 - 15q13   Gene [G]     GOLGA8O       [Omim] [Entrez]
    chr15:32519848-32533741 - 15q13   Gene [G]     WHAMMP1       [Omim] [Entrez]
    chr15:32536759-32580609 + 15q13   Gene [G]     LINC02256       [Omim] [Entrez]
    chr15:32615476-32636181 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 ARHGAP11A SCG5 [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32615476-32636181 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 ARHGAP11A SCG5 [TCGA-CESC]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32615476-32636181 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 ARHGAP11A SCG5 [TCGA-LUSC]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32615476-32636181 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 ARHGAP11A SCG5 [TCGA-SKCM]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32615476-32636181 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 ARHGAP11A SCG5     [Omim] [Entrez]
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    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
    chr15:32615476-32636181 + 15q13   Gene [G]     ARHGAP11A       [Omim] [Entrez]
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    chr15:32641613-32697098 + 15q13 2q31 Gene [AM]   ZNF385B/SCG5 SCG5 ZNF385B
    [FusionGDB]      		 [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 16p13 Gene [CT]   SCG5/HBA2 SCG5 HBA2 [ChiTaRS]  
    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13   Gene [G]     SCG5       [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 15q22 Gene [M]   SNX1/SCG5 SCG5 SNX1 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 2q31 Gene [M]   ZNF385B/SCG5 SCG5 ZNF385B [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 15q22 Gene [TF]   SNX1/SCG5 SCG5 SNX1 [TCGA]
    [FusionGDB]      		 [TCGA-SKCM]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 2q31 Gene [TF]   ZNF385B/SCG5 SCG5 ZNF385B [TCGA]
    [FusionGDB]      		 [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32665702-32673065 - 15q13   Gene [G]     LOC105370757       [Omim] [Entrez]
    chr15:32718004-32734669 + 15q13 20q13 Gene [CT]   GREM1/TP53RK GREM1 TP53RK [ChiTaRS]  
    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
    chr15:32718004-32734669 + 15q13   Gene [G]     GREM1       [Omim] [Entrez]
    chr15:32718101-32718865 - 15q13   Gene [G]     LOC100131315       [Omim] [Entrez]
    chr15:33149784-33194733 - 15q13 14q22 Gene [AM]   FMN1/LGALS3 FMN1 LGALS3 [TCGA-SKCM]     [Omim] [Entrez]
    chr15:33149784-33194733 - 15q13 7p22 Gene [CT]   ACTB/FMN1 FMN1 ACTB [ChiTaRS]  
    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
    chr15:33149784-33194733 - 15q13 12q13 Gene [CT]   FMN1/ATP5F1B FMN1 ATP5F1B [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr15:33149784-33194733 - 15q13 17q21 Gene [CT]   ITGB3/FMN1 FMN1 ITGB3 [ChiTaRS]  
    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
    chr15:33149784-33194733 - 15q13   Gene [G]     FMN1       [Omim] [Entrez]
    chr15:33149784-33194733 - 15q13 15q14 Gene [M]   FMN1/AVEN FMN1 AVEN [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:33149784-33194733 - 15q13 17q21 Gene [M]   FMN1/KANSL1 FMN1 KANSL1 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:33149784-33194733 - 15q13 8q24 Gene [M]   RPL8/FMN1 FMN1 RPL8 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:33149784-33194733 - 15q13 17q25 Gene [M]   FMN1/UBALD2 FMN1 UBALD2 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:33149784-33194733 - 15q13 17q25 Gene [M]   UBALD2/FMN1 FMN1 UBALD2 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:33236476-33247555 - 15q13 15q14 Gene [AM]   SPRED1/TMCO5B TMCO5B SPRED1
    [FusionGDB]      		     [Omim] [Entrez]
    chr15:33236476-33247555 - 15q13   Gene [G]     TMCO5B       [Omim] [Entrez]
    chr15:33303657-33310659 - 15q13   Gene [G]     LOC101928134       [Omim] [Entrez]
    chr15:33310962-33866103 + 15q13 1p31 Gene [CT]   PRKACB/RYR3 RYR3 PRKACB [ChiTaRS]  
    [FusionGDB]      		     [Omim] [GenBank]
    chr15:33310962-33866103 + 15q13   Gene [G]     RYR3       [Omim] [Entrez]
    chr15:33310962-33866103 + 15q13 15q14 Gene [M]   RYR3/AVEN RYR3 AVEN [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Lung Squamous cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:33310962-33866103 + 15q13 15q15 Gene [M]   RYR3/BUB1B RYR3 BUB1B [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Brain Astrocytoma, grade I-II [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:33310962-33866103 + 15q13 15q14 Gene [M]   C15orf41/RYR3 RYR3 C15orf41 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Unknown site Squamous cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:33310962-33866103 + 15q13 1p32 Gene [M]   RYR3/DAB1 RYR3 DAB1 [Mitelman] Brain Astrocytoma, grade III-IV/Glioblastoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:33310962-33866103 + 15q13 12q13 Gene [M]   LARP4/RYR3 RYR3 LARP4 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:33310962-33866103 + 15q13 12q13 Gene [M]   RYR3/LARP4 RYR3 LARP4 [Mitelman]
    [FusionGDB]      		 Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:33310962-33866103 + 15q13 12q13 Gene [TF]   LARP4/RYR3 RYR3 LARP4 [TCGA]
    [FusionGDB]      		 [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:33310962-33866103 + 15q13 12q13 Gene [TF]   RYR3/LARP4 RYR3 LARP4 [TCGA]
    [FusionGDB]      		 [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]

    [ Bold normal : A; Italic normal :G; Italic small : E ]

    X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 [previous]   15 15p 15q 15p13 15p12 15p11 15q11 15q12 15q13 15q14 15q15 15q21 15q22 15q23 15q24 15q25 15q26   [next]

    External links

    Mitelman Database [NCI] : Breakpoint 15q13

    [ UCSC ][ enSembl ][ MapView - NCBI ][ 1000Genomes ][ EVS ][ CGWB ][ DGV ][ DBVar ][ OMIM ][ HapMap ][ DECIPHER ] [ ECARUCA ]
    Gene Expression (MSigDB) in 15q13  [ HTC ]  [ NCI ]  [ INV ]

    Global tables

  • Anomalies list (tabulated txt file)
  • Gene list (tabulated txt file)
  • list of gene fusions for each gene (with origins of the data)
  • list of gene fusions by origin (with topography and morphology)

    • References

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    Contributor(s)

    Writtenmay 2012Philippe Dessen
      
    Updatedjanv. 2019Philippe Dessen and Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P and Huret JL. Chromosomal band 15q13. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. July 2012.
    URL : https://atlasgeneticsoncology.usal.es/classic/Bands/15q13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : mar. janv. 22 11:53:13 CET 2019
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